行政协议的起诉期限根据案件种类不同有五日、十五日、三十日、三个月四种档次。依据治安行政条例或者治安管理处罚条例处罚的行政案件为五日处理期限。邮政、海洋类起诉期限为十五日，税务海关类期限为三十日，行政诉讼法类起诉期限为三个月期限。
一、行政协议的起诉期限有哪些规定?
根据行政诉讼法和其他有关法律法规的规定，行政案件的起诉期限有5日、15日、30日、3个月四种情况。
（一）起诉期限为5日的。例如，治安行政条例或其他引用治安管理处罚条例进行处罚的行政案件。
（二）起诉期限为15日的。例如，邮政法、统计法、水污染防治法、海洋环境保护法、商品管理法、食品卫生法等都作了起诉期限为15日的规定。
（三）起诉期限为30日的。例如，税务、资源、海关等行政案件及产品税条例、增值税条例、森林法、土地管理法、渔业法、海关法等规定了起诉期限为30日。
（四）起诉期限为3个月。这是我国行政法中当事人直接向人民法院起诉的最一般规定。行政诉讼法第三十五条规定：“公民、法人或者其他组织直接向人民法院起诉的，应当在知道作出具体行政行为之日起三个月提出。”.此外，专利行政案件的期限为3个月。
行政诉讼时效的起算一般是从行政相对人知道具体行政行为之日起计算，所谓“知道”是指行政机关在作出具体行政行为时，以书面形式告知相对人行为内容（这里的内容应包括具体行政行为所依据的规范性文件）及诉权和起诉期限，而非道听途说，也不仅仅是行政机关简单的决定、批准、审批、处罚内容，这里的行政机关的内容应当包括所依据的规范性文件的内容，这样行政相对人才能真正知道行政机关的行为是否合法，否则就不能视为相对人知道行政行为内容，如果依照法律规定具体行政行为可以以口头形式告知，亦必须制作笔录。行政相对人通过非上述途径而得知具体行政行为内容的，不能视为“知道”。所以这种情况也就是最高人民法院关于行政诉讼的解释：“不属于起诉人自身的原因”，“被耽误的时间不计算在起诉期间内。”可以把起诉期限延长至5年的规定，这是解释保护行政相对人诉权保护的一个具体体现。
《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》第四十一条“行政机关作出具体行政行为时，未告知公民、法人或者其他组织诉权或者起诉期限的，起诉期限从公民、法人或者其他组织知道或者应当知道诉权或者起诉期限之日起计算，但从知道或者应当知道具体行政行为内容之日起最长不得超过2年。”之规定显然说明行政诉讼不适用诉讼时效理论，当然也不适用时效中断理论，所以此规定不利于公民权利的维护，无法使公民信服此立法的公正性。
二、行政协议无效的法律后果
行政协议无效,自始没有法律约束力,其法律后果是据此取得的财产应当返还或折价补偿赔偿,未履行的不再履行。因此,当事人根据协议无效条款的约定,以未履行的标的计算其损失,没有法律依据。
三、行政协议和行政合同的区别
行政合同是现代行政法上较为新型且重要的一种行政管理手段。 行政合同它引进了公民参与国家行政的新途径，通过行政合同，普通公民可以以积极的权利方式而不仅仅是负担义务直接参与实施行政职能特别是经济职能；行政合同的广泛使用，将会减低行政机关对个人进行单方命令的行政安排，以协商的方式提出要求和义务，便于公民理解，容易造成接受和赞同，从而减少因双方利益和目的的差异而带来的对立性，有利于化解矛盾，创造和谐社会。
法律依据：《中华人民共和国民法典》 第五百零二条 依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。
依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。
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