近亲结婚之所以危害深远是由于近亲之间有较多相似的基因，夫妻两人携带相同的隐形致病基因的可能性比较大，容易使对生存不利的隐性基因结合，生出带有先天缺陷的后代。因此在我国法律中，直系血亲和三代以内的旁系血亲结婚都属于违法的行为。
一、近亲结婚危害的原因
近亲结婚危害的原因在于近亲夫妇相似的血脉。近亲结婚的夫妇，从共同祖先获得了较多的相同基因，容易使对生存不利的隐性有害基因在后代中相遇（即纯合），因而容易出生素质低劣的孩子。据世界卫生组织估计，人群中每个人约携带 5 ～ 6 种隐性遗传病的致病基因。在随机婚配（非近亲婚配）时，由于夫妇两人无血缘关系，相同的基因很少，他们所携带的隐性致病基因不同，因而不易形成隐性致病基因的纯合体（患者）。提醒您，在近亲结婚时，夫妇两人携带相同的隐性致病基因的可能性很大，容易在子代相遇，而使后代遗传病的发病率升高。
二、近亲结婚是否违法
近亲之间结婚属于违法行为。我国法律规定：“直系血亲和三代以内的旁系血亲禁止结婚。”直系血亲指父母与子女，祖父母与孙子女，外祖父母与外孙子女之间的关系。三代以内的旁系血亲包括同胞、叔(伯、姑)与侄(女)、舅(姨)与外甥(女)之间，表兄弟(妹)、堂兄弟(妹)之间的关系。
因此，只要是在法律规定的亲属范围内想要结婚的，那么都是违法行为，此时婚姻登记部门是不会给予办理结婚登记手续的。
《中华人民共和国民法典》第一千零五十一条 【婚姻无效的情形】有下列情形之一的，婚姻无效：
（一）重婚;
（二）有禁止结婚的亲属关系;
（三）未到法定婚龄。
三、近亲结婚的危害
近亲结婚不仅使后代中隐性遗传病的发生率提高，而且使多基因遗传病及先天畸形发生率增高。一般来说，血缘关系越近，遗传病发病率越高，血缘远的患遗传病的可能性就越小。
1.近亲结婚会大幅度提高隐性遗传病的发病率。有资料表明，近亲结婚子代患隐性遗传病的几率是非近亲结婚子代的150倍。
2.一些多基因遗传病的发病率，近亲结婚也高于非近亲结婚。据统计，先天性心脏病、无脑儿、脊髓裂变等多基因病，近亲结婚子女发病率约为1.64%，非近亲结婚子女发病率仅为0.57%。
3.近亲结婚后代的早期死亡率和畸形率也都高。
4.近亲结婚会带来体质下降，体重减轻，身高变矮。